ユニットリーダー

城口 克之 (Ph.D.)

光学顕微鏡１分子観察と次世代シークエンサ関連の手法開発の経験を基に、バイオイメージングとシークエンシングを組み合わせた新しいアプローチの確立を目指しています。１細胞解析用の技術を独自に開発しており、分子バーコード法の開発により、高精度にRNAを定量できるDigital RNA sequencing (dRNA-seq）を実現しています。また、菌の種類を高精度で区別し、１細胞レベルで定量できる、新しい細菌叢解析法も開発しています。これらの技術開発を基盤として、生命システムの理解や医科学への貢献を目指しています。免疫関連の細胞などを対象に、たくさんの共同研究も行っています。

研究テーマ

• 定量ジェノミクス
• １細胞解析
• デジタル計測
• シークエンシング
• バイオイメージング

主要論文

• Ogawa, T., Kryukov, K., Imanishi, T. & Shiroguchi, K.
  "The efficacy and further functional advantages of random-base molecular barcodes for absolute and digital quantification of nucleic acid molecules"
  Sci. Rep. 7, 13576 (2017) doi:10.1038/s41598-017-13529-3
• Tenno, M., Shiroguchi, K., Muroi, S., Kawakami, E., Koseki, K., Kryukov, K., et al.
  "Cbfβ2-deficiency preserves Langerhans cell precursors by lack of selective TGFβ receptor signaling"
  J. Exp. Med. 214, 2933-2946 (2017) doi:10.1084/jem.20170729
• Suzuki, H., Mitsuno, K., Shiroguchi, K., Tsugane, M., Okano, T., Dohi, T., et al.
  "One-step micromolding of complex 3D microchambers for single-cell analysis"
  Lab Chip 17, 647-652 (2017) doi:10.1039/c6lc01313a
• Chen, H. Y.*, Shiroguchi, K.*, Ge, H. & Xie, X. S. (*Equal first authors)
  "Genome-wide study of mRNA degradation and transcript elongation in Escherichia coli"
  Mol. Syst. Biol. 11, 781 (2015) doi:10.15252/msb.20145794
• Miyazaki, M., Kinosita, K. & Shiroguchi, K.
  "Accurate polarity control and parallel alignment of actin filaments for myosin-powered transport systems"
  RSC Adv. 3, 8728-8733 (2013) doi:10.1039/c3ra41112e
• Shiroguchi, K., Jia, T. Z., Sims, P. A. & Xie, X. S.
  "Digital RNA sequencing minimizes sequence-dependent bias and amplification noise with optimized single-molecule barcodes"
  Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 1347-1352 (2012) doi:10.1073/pnas.1118018109
• Shiroguchi, K., Chin, H. F., Hannemann, D. E., Muneyuki, E., Cruz, E. M. & Kinosita, K.
  "Direct Observation of the Myosin Va Recovery Stroke That Contributes to Unidirectional Stepping along Actin"
  PLoS Biol. 9, e1001031 (2011) doi:10.1371/journal.pbio.1001031
• Shiroguchi, K. & Kinosita, K.
  "Myosin V walks by lever action and Brownian motion"
  Science 316, 1208-1212 (2007) doi:10.1126/science.1140468