チームリーダー

Todd Taylor (Ph. D.)

メタシステム研究チームではヒトの健康および環境保全に関わる微生物コミュニティーから得られるメタゲノム配列データの解析および解析ツール開発を行って います。現在、メタゲノム配列データの高容量解析を行い、シークエンスデータおよび解析結果のデータベースを提供するMetaSysと呼ばれるソフトウェ アパッケージを開発中です。同ソフトウェアは公共データベースにある全メタゲノムデータの包括的解析およびアノテーション（機能同定）ツールとなり得ま す。iMetaSys開発以外にも、工業利用が見込まれる新酵素をメタゲノムデータから見つけ出すソフトウェアであるMetaBioME、メタゲノムおよ び通常のゲノムデータに存在する遺伝子に対し機能情報を付加するソフトウェア、メタゲノムデータからの系統樹作成法、およびメタゲノムデータのアセンブリ を行う解析法の開発に取り組んでいます。また、メタゲノムのみならず、バクテリア、原生生物を含む単独微生物のゲノム解析も行っています。我々の研究は、 様々な環境下の全生物種の相互作用の評価、モデル化および予測を目指しています。

 

研究テーマ

1. ヒト腸内及び他組織におけるメタゲノム解析
2. 高容量解析ツールおよびデータベースの開発・公開
3. 微生物および他の種のゲノム配列解析

主要論文

1. Sharma VK, Kumar N, Prakash T, Taylor TD.
   "Fast and accurate taxonomic assignments of metagenomic sequences using MetaBin."
   PLoS ONE 7(3):e34030. (April 4, 2012) PMID 22496776
2. Nishida H, Kondo S, Matsumoto T, Suzuki Y, Yoshikawa H, Taylor TD, Sugiyama J.
   "Characteristics of nucleosomes and linker DNA regions on the genome of the basidiomycete Mixia osmundae revealed by mono- and dinucleosome mapping."
   Open Biology pending:doi:10.1098/rsob.120043. (April, 2012)
3. Toh H, Sharma VK, Oshima K, Kondo S, Hattori M, Ward FB, Free A, Taylor TD.
   "Complete genome sequences of Arcobacter butzleri ED-1 and Arcobacter sp. strain L, both isolated from a microbial fuel cell."
   J Bacteriol 193(22):6411-6412. (November, 2011) PMID 22038970
4. Prakash T, Oshima K, Morita H, Fukuda S, Imaoka A, Kumar N, Sharma VK, Takahashi M, Saitou N, Taylor TD, Ohno H, Umesaki Y, Hattori M.
   "Complete genome sequences of rat and mouse segmented filamentous bacteria, a potent inducer of Th17 cell differentiation."
   Cell Host & Microbe 10(3):273-284. (September 15, 2011) PMID 21925114
5. Avasthi TS, Devi SH, Taylor TD, Kumar N, Baddam R, Kondo S, Suzuki Y, Lamouliatte H, Mégraud F, Ahmed N.
   "Genomes of two chronological isolates (Helicobacter pylori 2017 and 2018) of the West African Helicobacter pylori strain 908 obtained from a single patient."
   J Bacteriol 193(13):3385-3386. (July, 2011) PMID 21515762
6. Fukuda S., Toh H., Hase K., Oshima K., Nakanishi Y., Yoshimura K., Tobe T., Clarke J.M., Topping D.L., Suzuki T., Taylor T.D., Itoh K., Kikuchi J., Morita H., Hattori M., Ohno H.:
   "Bifidobacteria can protect from enteropathogenic infection through production of acetate."
   Nature 469 (7331), 543-547 (2011).
   
7. Prakash T., Sharma V.K., Adati N., Ozawa R., Kumar N., Nishida Y., Fujikake T., Takeda T., Taylor T.D.:
   "Expression of conjoined genes: another mechanism for gene regulation in eukaryotes."
   PLoS ONE 5 (10), 1-9 e13284 (2010).
   
8. Devi S.H., Taylor T.D., Avasthi T.S., Kondo S., Suzuki Y., Megraud F., Ahmed N.:
   "The genome of Helicobacter pylori strain 908."
   J. Bacteriol. 192 (24), 6488-6489 (2010).
   
9. Toh H., Oshima K., Toyoda A., Ogura Y., Ooka T., Sasamoto H., Park S.H., Iyoda S., Kurokawa K., Morita H., Itoh K., Taylor T.D., Hayashi T., Hattori M.:
   "Complete genome sequence of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE15, belonging to phylogenetic group B2."
   J. Bacteriol. 192 (4), 1165-1166 (2010).
   
10. Sharma V.K., Kumar N., Prakash T., Taylor T.D.:
    "MetaBioME: a database to explore commercially useful enzymes in metagenomic datasets."
    Nucleic Acids Research 38 (Database), D468-D472 (2009).