Laboratory for Systems Biology


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上田 泰己(うえだ ひろき)

専門分野 システム生物学、機能ゲノミクス
関心事(研究) 生命システムの同定・解析・制御・設計
好きな事 サッカー
挑戦している
(したい)事
(1) 細胞機能の制御と設計
(2) 細胞間シグナリングの同定と解析
(3) ヘテロなスキルと技術を一つの目的へとオーガナイズすること。
その他一言 -
    
生年月日  border= 1975年9月9日
所属機関 独立行政法人理化学研究所生命システム研究センター
合成生物学研究グループ
役職 グループディレクター
所在地
〒650-0047
兵庫県神戸市中央区港島南町2-2-3
学歴 1994.3 久留米大学附設高校卒業
2000.3 東京大学医学部卒業
2004.3 東京大学大学院医学系研究科博士課程終了
研究歴
(主な職歴と研究内容)
1997-1998 ソニーコンピューターサイエンス研究所 研究アシスタント
          細胞シミュレーションシステムの開発
1998-2000 ERATO北野プロジェクト 研究アシスタント
          組織シミュレーションシステムの開発
1999-2000 山之内製薬株式会社 研究員(修士卒扱い)
          体内時計の発振機構のモデル化
1999-2000 山之内製薬株式会社 研究員(修士卒扱い)
          体内時計の同調機構のモデル化
2001-2002 山之内製薬株式会社 研究員(ポスドク扱い)
          ショウジョウバエ体内時計の発現解析
2002-2004 山之内製薬株式会社 研究員(グループリーダー)
          哺乳類体内時計のシステム生物学研究
2003-現在 独立行政法人理化学研究所 発生再生科学総合研究センター
システムバイオロジー研究チーム チームリーダー
          哺乳類体内時計・体節時計のシステム生物学研究
2004-現在 独立行政法人理化学研究所 発生再生科学総合研究センター
機能ゲノミクスサブユニット ユニットリーダー(兼任)
2005-2006 東北大学 加齢医学研究所 客員教授(兼任)
2005-現在 徳島大学 ゲノム機能研究センター 客員教授(兼任)
2006-現在 大阪大学 理学研究科 連携大学院(招聘教授)
2009-現在 京都大学 理学研究科(数学)併任教授
2009-現在 独立行政法人理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター
システムバイオロジー研究プロジェクト プロジェクトリーダー
2010-現在 国立遺伝学研究所 客員教授(兼任)
受賞暦、表彰暦 2001年 ショウジョウバエ研究会 森脇大五郎 あたますっきり賞
2002年 Sleep Research Society/SRBR Joint Meeting Travl Award
2004年 日本イノベーター大賞・優秀賞
2005年 東京テクノフォーラム21・ゴールドメダル
2006年 文部科学大臣賞 若手科学者賞
2006年 Genome Technology “Tomorrow’s PI”
2007年 第5回日本時間生物学会 学術奨励賞
            2009年 第23回日本IBM科学者賞
その他 2003年 第53回ノーベル賞受賞者会議(リンダウ会議)第一回日本参加者メンバー
2005年 科学技術振興機構研究開発戦略センター
      G-TEC(生物医学研究におけるシステム的研究アプローチ)EU視察団メンバー
2006年 第4回CDBシンポジウムLogic of Development Co-organizer
2006年 第6回日米先端工学(JAFoE)シンポジウム・運営委員
2006年 International workshop on Synthetic biology
      “synthetic approaches to cellular functions” Co-organizer
2007年 第1回日仏先端科学(JAFoS)シンポジウム・スピーカー(システム生物学)
2007年 第10回日米先端科学(JAFoS)シンポジウム・チェア(システム生物学)
2008年 第2回日仏先端科学(JAFoS)シンポジウム・運営委員(生物学)
2008年 Society for Research on Biological Rhythms (SRBR) Program Committee
Original Papers Yota B. Kiyohara, Keigo Nishii, Maki Ukai-Tadenuma, Hiroki R. Ueda*, Yasuo Uchiyama and Kazuhiro Yagita, "Detection of a circadian enhancer in the mDbp promoter using prokaryotic 5 transposon vector-based strategy" Nucleic Acids Research Mar;36(4):e23 (2008)

Nobuhiro Nakao, Hiroko Ono, Takashi Yamamura, Tsubasa Anraku, Tsuyoshi Takagi, Kumiko Higashi, Shinobu Yasuo, Yasuhiro Katou, Saburo Kageyama, Yumiko Uno, Takeya Kasukawa, Masayuki Iigo, Peter J. Sharp, Atsushi Iwasawa, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Teruyuki Niimi, Makoto Mizutani, Takao Namikawa, Shizufumi Ebihara, Hiroki R. Ueda* & Takashi Yoshimura "Thyrotrophin in the pars tuberalis triggers photoperiodic response" Nature 452, 317-322 (20 March 2008)

Hideki Ukai, Tetsuya J. Kobayashi Mamoru Nagano, Koh-hei Masumoto Mitsugu Sujino, Takao Kondo, Kazuhiro Yagita, Yasufumi Shigeyoshi and Hiroki R. Ueda* "Melanopsin-dependent photo-perturbation reveals desynchronization underlying the singularity of mammalian circadian clocks", Nature Cell Biology , 2007

Akira Matsumoto*, Maki Ukai-Tadenuma, Rikuhiro G. Yamada, Jerry Houl, Kenichiro D. Uno, Takeya Kasukawa, Brigitte Dauwalder, Taichi Q. Itoh, Kuniaki Takahashi, Ryu Ueda, Paul E. Hardin, Teiichi Tanimura and Hiroki R. Ueda* "A functional genomics strategy reveals clockwork orange as a transcriptional regulator in the Drosophila circadian clock" Genes and Development, 21, 1687-1700, 2007 * corresponding authors

Akiko Tsumura, Tomohiro Hayakawa, Yuichi Kumaki, Shin-ichiro Takebayashi, Morito Sakaue, Chisa Matsuoka, Kunitada Shimotohno, Fuyuki Ishikawa, En Li, Hiroki R. Ueda, Jun-ichi Nakayama and Masaki Okano, "Maintenance of self-renewal ability of mouse embryonic stem cells in the absence of DNA methyltransferases Dnmt1, Dnmt3a and Dnmt3b" Genes to Cells, 11, 805-814, 2006

Yota B. Kiyohara, Sayaka Tagao, Filippo Tamanini, Akira Morita, Yukiko Sugisawa, Maya Yasuda, Iori Yamanaka, Hiroki R. Ueda, Gijsbertus T.J. van der Horst, Takao Kondo and Kazuhiro Yagita, "The BMAL1 C-terminus regulates the circadian transcription feedback loop" PNAS, 103, 10074-10079, 2006

Trey K. Sato, Rikuhiro G. Yamada, Hideki Ukai, Julie E. Baggs, Loren J. Miraglia, Tetsuya J. Kobayashi, David K. Welsh, Steve A. Kay, Hiroki R. Ueda* and John B. Hogenesch*, "Requirement for Feedback Repression in Mammalian Circadian Clock Function" Nature Genetics, 38, 312-319, 2006 * corresponding authors

Kazuki Kurimoto,Yukuhiro Yabuta,Yasuhide Ohinata,Yukiko Ono,Kenichiro D.Uno,Rikuhiro G.Yamada,Hiroki R.Ueda and Mitinori Saitou. "An improved single-cell cDNA amplification method for efficient high-density oligonucleotide microarray analysis" Nucleic Acids Research, 34, e42, 2006

Carninci P, Kasukawa T, Katayama S, Gough J, Frith MC, Maeda N, Oyama R, Ravasi T, Lenhard B, Wells C, Kodzius R, Shimokawa K, Bajic VB, Brenner SE, Batalov S, Forrest AR, Zavolan M, Davis MJ, Wilming LG, Aidinis V, Allen JE, Ambesi-Impiombato A, Apweiler R, Aturaliya RN, Bailey TL, Bansal M, Baxter L, Beisel KW, Bersano T, Bono H, Chalk AM, Chiu KP, Choudhary V, Christoffels A, Clutterbuck DR, Crowe ML, Dalla E, Dalrymple BP, de Bono B, Della Gatta G, di Bernardo D, Down T, Engstrom P, Fagiolini M, Faulkner G, Fletcher CF, Fukushima T, Furuno M, Futaki S, Gariboldi M, Georgii-Hemming P, Gingeras TR, Gojobori T, Green RE, Gustincich S, Harbers M, Hayashi Y, Hensch TK, Hirokawa N, Hill D, Huminiecki L, Iacono M, Ikeo K, Iwama A, Ishikawa T, Jakt M, Kanapin A, Katoh M, Kawasawa Y, Kelso J, Kitamura H, Kitano H, Kollias G, Krishnan SP, Kruger A, Kummerfeld SK, Kurochkin IV, Lareau LF, Lazarevic D, Lipovich L, Liu J, Liuni S, McWilliam S, Madan Babu M, Madera M, Marchionni L, Matsuda H, Matsuzawa S, Miki H, Mignone F, Miyake S, Morris K, Mottagui-Tabar S, Mulder N, Nakano N, Nakauchi H, Ng P, Nilsson R, Nishiguchi S, Nishikawa S, Nori F, Ohara O, Okazaki Y, Orlando V, Pang KC, Pavan WJ, Pavesi G, Pesole G, Petrovsky N, Piazza S, Reed J, Reid JF, Ring BZ, Ringwald M, Rost B, Ruan Y, Salzberg SL, Sandelin A, Schneider C, Schonbach C, Sekiguchi K, Semple CA, Seno S, Sessa L, Sheng Y, Shibata Y, Shimada H, Shimada K, Silva D, Sinclair B, Sperling S, Stupka E, Sugiura K, Sultana R, Takenaka Y, Taki K, Tammoja K, Tan SL, Tang S, Taylor MS, Tegner J, Teichmann SA, Hiroki R. Ueda, van Nimwegen E, Verardo R, Wei CL, Yagi K, Yamanishi H, Zabarovsky E, Zhu S, Zimmer A, Hide W, Bult C, Grimmond SM, Teasdale RD, Liu ET, Brusic V, Quackenbush J, Wahlestedt C, Mattick JS, Hume DA, Kai C, Sasaki D, Tomaru Y, Fukuda S, Kanamori-Katayama M, Suzuki M, Aoki J, Arakawa T, Iida J, Imamura K, Itoh M, Kato T, Kawaji H, Kawagashira N, Kawashima T, Kojima M, Kondo S, Konno H, Nakano K, Ninomiya N, Nishio T, Okada M, Plessy C, Shibata K, Shiraki T, Suzuki S, Tagami M, Waki K, Watahiki A, Okamura-Oho Y, Suzuki H, Kawai J, Hayashizaki Y; FANTOM Consortium; RIKEN Genome Exploration Research Group and Genome Science Group (Genome Network Project Core Group), "The transcriptional landscape of the mammalian genome" Science, 309, 1559-1563, 2005.

Hiroki R. Ueda, Satoko Hayashi, Wenbin Chen, Motoaki Sano, Masayuki Machida, Yasufumi Shigeyoshi, Masamitsu Iino & Seiichi Hashimoto. "System-level Identification of Transcriptional Circuits Underlying Mammalian Circadian Clocks" Nature Genetics, 37, 187-192, 2005.

Hiroki R. Ueda, Wenbin Chen, Yoichi Minami, Sato Honma, Kenichi Honma, Masamitsu Iino & Seiichi Hashimoto. "Molecular-Timetable Methods for Detection of Body Time and Rhythm Disorders from Single-time-point Genome-wide Expression Profiles" PNAS, 101, 11227-11232, 2004.

Hiroki R. Ueda, Satoko Hayashi, Shinichi Matsuyama, Tetsuya Yomo, Seiichi Hashimoto, Steve A. Kay, John B. Hogenesch, and Masamitsu Iino. "Universality and flexibility in gene expression from bacteria to human" PNAS, 101, 3765-3769, 2004.

Hiroki R. Ueda, Wenbin Chen, Akihito Adachi, Hisanori Wakamatsu, Satoko Hayashi, Tomohiro Takasugi, Mamoru Nagano, Kenichi Nakahama, Yutaka Suzuki, Sumio Sugano, Masamitsu Iino, Yasufumi Shigeyoshi and Seiichi Hashimoto. "A transcription factor response element for gene expression during circadian night" Nature, 418, 534-539, 2002.

Hiroki R. Ueda, Akira Matsumoto, Miho Kawamura, Masamitsu Iino, Teiichi Tanimura and Seiichi Hashimoto. "Genome-wide transcriptional orchestration of circadian rhythms in Drosophila" J. Biol. Chem., 277, 14048-14052, 2002.

Hiroki R. Ueda, Kenzo Hirose and Masamitsu Iino. "Intercellular Coupling Mechanism for Synchronized and Noise-Resistant Circadian Oscillators" J. Theor. Biol., 216, 501-512, 2002.

Hiroki R. Ueda, Masatoshi Hagiwara and Hiroaki Kitano, "Robust Oscillations within the Interlocked Feedback Model of Drosophila Circadian Rhythm" J. Theor. Biol., 210, 401-406, 2001.
Reviews Hiroki R. Ueda, “Systems biology flowering in the plant clock field”. Mol. Syst. Biol. 2, 60, 2006

Kenichiro Uno and Hiroki R. Ueda "Microarrays: Quality Control and Hybridization Protocol", Circadian Rhythms: Methods And Protocols (Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J. ), V.362.) Humana Press; 225-244, 2006

Rikuhiro Yamada and Hiroki R. Ueda “Microarrays: Statistical Methods for Circadian Rhythms” Circadian Rhythms: Methods And Protocols (Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J. ), V.362.) Humana Press; 245-264, 2006

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