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RIKEN center for Biosystems Dynamics Research

Publications

1. Publication

(†責任著者, Correspondence)

  1. "Direct visualization of human myosin II force generation using DNA origami-based thick filaments"
    K. Fujita, M. Ohmachi, K. Ikezaki, T. Yanagida, M. Iwaki†
    Communications Biology, Accepted (2019)
    2. BioRxiv, BIORXIV/2019/634287 (2019)
  2. “Application of the fluctuation theorem for noninvasive force measurement in living neuronal axons.”
    K. Hayashi, Y. Tsuchizawa, M. Iwaki, Y. Okada
    Molecular Biology of the Cell, mbcE18010022 (2018)
  3. “A programmable DNA origami nanospring that reveals force-induced adjacent binding of myosin VI heads.”
    M. Iwaki†, S.F. Wickham, K. Ikezaki, T. Yanagida, W.M. Shih
    Nature Communications, 7, 13715 (2016) [journal link]
    *朝日新聞(朝刊)、日経新聞(電子版)、理研プレスリリース、理研知的財産情報などにて紹介されました。
  4. “Transcriptional bursting is intrinsically caused by interplay between RNA polymerases on DNA.”
    K. Fujita, M. Iwaki, T. Yanagida
    Nature Communications, 7, 13788 (2016)
  5. “Number density distribution of small particles around a large particles: Structural analysis of a colloidal suspension”
    K. Amano, M. Iwaki, K. Hashimoto, K. Fukami, N. Nishi, O. Takahashi, T. Sakka
    Langmuir, 32, 11063-11070 (2016)
  6. “Local heat activation of single myosins based on optical trapping of gold nanoparticles”
    M. Iwaki†, A. Iwane, K. Ikezaki, T. Yanagida
    Nano Letters, 15, 2456-2461 (2015) [journal link]
  7. “Myosin V is a biological Brownian Machine”
    K. Fujita, M. Iwaki†
    BIOPHYSICS, 10, 69-75 (2014) [journal link]
  8. “Switching of myosin V motion between the lever-arm swing and Brownian search-and-catch”
    K. Fujita*, M. Iwaki*†, A. Iwane, L. Marcucci, T. Yanagida
    Nature Communications, 3, 956 (2012)    (* equally contribution) [journal link]
    *注目の論文, RIKEN Research Highlightsにて紹介されました。
  9. “Entropic potential field formed for a linear-motor protein near a filament: Statistical-mechanical
    analyses using simple models.”
    K. Amano, T. Yoshidome, M. Iwaki, M. Suzuki, M. Kinoshita
    Journal of Chemical Physics, 133:045103 (2010)
  10. “Brownian search-and-catch mechanism for myosin-VI steps.”
    M. Iwaki, A. H. Iwane, T. Shimokawa, R. Cookes and T. Yanagida
    Nature Chemical Biology 5:403-405 (2009) [journal link]
    *日本経済新聞, Nature Chemical Biology News and Views, Annual Report of Osaka University, Academic Achievement 2009-2010にて紹介されました。
  11. “Biased Brownian motion mechanism for processivity and directionality of single headed myosin VI.”
    M. Iwaki, A. H. Iwane, T. Yanagida.
    Biosystems, 93:39-47. (2008)
  12. “Thermal fluctuations biased for directional motion in molecular motors.”
    Y. Ishii, Y. Taniguchi, M. Iwaki, T. Yanagida.
    Biosystems, 93:34-38. (2008)
  13. “Single molecule measurements and molecular motors.”
    T. Yanagida, M. Iwaki, Y. Ishii.
    Philosophical Transactions of the Royal Society B. 363:2123-2134. (2008)
  14. “Single molecule nano-biosciences: Fluctuation and adaptive biological molecular machines.”
    T. Yanagida, J. Kozuka, T. Okada, Y. Taniguchi, M. Iwaki, Y. Ishii
    Nanobiophotonics. 3-21, (2007)
  15. “Cargo binding makes a wild-type single-headed myosin-VI move processively”
    M. Iwaki, H. Tanaka, A. H. Iwane, E. Katayama, M. Ikebe, T. Yanagida.
    Biophysical Journal, 90:3643-3652. (2006)
  16. “Class VI myosin moves processively along actin filaments backward with large steps”
    S. Nishikawa, K. Homma, Y. Komori, M. Iwaki, T. Wazawa, AH. Iwane, J. Saito, R. Ikebe, E. Katayama, T. Yanagida, M. Ikebe.
    Biochem Biophys Res Commun, 11:311-317. (2002)

2. Books

  1. “幹細胞分化の力学制御を指向したDNAナノデバイス開発”
    岩城光宏†
    バイオサイエンスとインダストリー(B&I), Vol.76, 160-161 (2018)
  2. “Single molecule analysis of actomyosin in the presence of osmolyte”
    M. Iwaki†, K. Itoh, K. Fujita
    The role of water in ATP hydrolysis energy transduction by protein machinery, ELSEVIER, in press
  3. “世界最小の人工バネでタンパク質の動きを捉える”
    岩城光宏†
    自動車技術(超の世界), Vol. 71, 96-97 (2017)
  4. “Chemically driven biological Brownian machine”M. Iwaki†
    Engineering of chemical complexity II, World Scientific notes in complex system, 57-72, (2014)
  5. “筋収縮のメカニズム”
    岩城光宏†、
    筋機能改善の理学療法とそのメカニズム 第３版、247-264 (2014)
  6. “ブラウン型ナノマシンの作動原理”
    岩城光宏†、
    生物物理 vol. 53, 164-165 (2013) [pdf]
  7. “Single molecule and Collective dynamics of molecular motor coupled with mechano-sensitive chemical reaction”
    M. Iwaki†, L. Marcucci, Y. Togashi, T. Yanagida,
    Engineering of chemical complexity, World Scientific notes in complex system, 79-100 (2012)
  8. “ストレインセンサーが制御するミオシンVIのブラウン運動整流機構”
    岩城光宏†、
    生物物理 Vol. 50, 88-89 (2010) [pdf]
  9.  “1分子可視化と操作”
    柳田敏雄、石井由晴、岩城光宏、西川正俊
    非侵襲・可視化技術ハンドブック-ナノ・バイオ・医療から情報システムまで-
    第7章、NTS (2007)
  10. “Single molecule nano-bioscience: Fluctuation and adaptive biological molecule machines”
    T. Yanagida, J. Kozuka, Okada, T., Taniguchi, Y., Iwaki, M., Ishii, Y.,
    ELSEVIER (2007)
  11. “分子機械の作動原理-あいまいさと生体機能”
    岩根敦子、小森靖則、岩城光宏、柳田敏雄
    蛋白質・核酸・酵素、特集エネルギー変換装置ATPaseの作動原理7月号
    47:1157-1164 (2002)

3. Patent

  1. ポリヌクレオチドを用いたコイル及びその製造方法 (特許第6041306号)
    岩城光宏

4. Invited talks

  1. 「DNAナノテクノロジーと１分子計測技術の融合が拓く分子動態・力の高解像イメージング」
    第56回日本生物物理学会年会シンポジウム
    （岡山、2018年9月15日）
  2. 「DNAナノテクノロジーが開拓するナノメディシン」
    第55回薬剤学懇談会研究討論会
    (神戸、2018年6月14日)
  3. 「幹細胞分化の力学制御を指向したDNAナノデバイス開発」
    BioJapan2017
    （パシフィコ横浜、2017年10月11日）
  4. 「DNAナノテクノロジーの生命科学研究への応用と現状」
    武田薬品工業株式会社湘南研究所セミナー
    （湘南、2017年4月27日）
  5. “A programmable DNA origami nanospring that reveals force-induced adjacent binding of myosin VI heads”
    14th Annual Conference on Foundations of Nanoscience (FNANO17)
    (Snowbird, U.S., 2017)
  6. 「プログラム可能なDNAオリガミ技術を用いたミオシンシステムの制御」
    第5回分子モーター討論会
    （東京大学、2015年6月13日）
  7. 「高解像１分子ナノイメージングから心臓のダイナミクスを探る」
    応用物理学会・量子エレクトロニクス研究会 -バイオメディカルフォトニクスII-,
    (軽井沢、2014年12月19日)
  8. “Anchoring mechanism of Myosin-VI revealed with a Programmed DNA origami Spring”
    Gordon Research Conferences, Mucsle & Moleclar Motors,
    (Mount Snow Resort, U.S, July 8, 2014)
  9. “Dynamics and energetics of single actomyosin motor in the presence of osmolyte”
    Symposium on Hydration and ATP Energy, 新学術領域研究国際会議
    (Sendai, Japan, March 6, 2013)
  10. “Dynamics and energetics of single actomyosin motor”
    7th international conference on Engineering of chemical complexity,
    (Berlin Center for Studies of Complex Chemical Systems, Germany, June 13, 2013)
  11. “Discovery of Strain-sensor mechanism in motor protein and the quantification for the energy conversion”
    第50回日本生物物理学会若手招待講演
    (名古屋、2012年9月22日)
  12. “Brownian search-and-catch mechanism in motor protein and the quantification for the energy conversion”
    Workshop: Active Dynamics on Microscales,
    (Lorentz Center, Netherland, September 18, 2012)
  13. “ミオシンXIの1分子解析”
    日本植物学会第76回大会,
    (兵庫、2012年9月15日)
  14. “The effect of cosolvent on the energy conversion of actomyosin revealed by single molecule analysis”
    Symposium on Hydration and ATP Energy, 新学術領域研究国際会議
    (Sendai, Japan, March 8, 2012)
  15. “Cosolvent effect on actomyosin motility revealed by single molecule measurements”
    International symposium on Hydration and ATP energy, 新学術領域研究国際会議
    (Sendai, Japan, August 11)
  16. “共溶媒の効果：ATP駆動モーター蛋白質の1分子計測の場合”
    日本物理学会第65回年次大会
    (岡山、2010年3月20日)
  17. “ナノ粒子を利用したモーター蛋白質の高速1分子ナノイメージングと操作”
    第82回日本生化学大会、
    (神戸、2009年10月21日)
  18. “Strain-dependent search and capture mechanism for directional motion of myosin-VI.”
    BIOCOMP,
    (Vietri, Italy, September 24, 2007)
  19. “Single molecule nano measurement of actomyosin motor”
    5th World Congress of Biomechanics,
    (Munich, Germany, July 29, 2006)

5. Interviews

  1. 「ミチをひらくー人工筋肉を作り病気研究の光にー」
    朝日新聞(朝刊)、2017年3月23日
  2. “世界最小の人工バネでタンパク質の動きを捉える”
    Academist Journal、2017年 [journal link]
  3. 「世界最小の人工バネでタンパク質の動きを捉える」
    朝日新聞(朝刊)、日本経済新聞(電子版)、産経ニュース、Yahooニュースなど
    2016年12月12日
  4. 「筋肉を収縮させる力　分子センサーが制御」
    日本経済新聞(朝刊), 2009年5月
  5. 海外だより「生物物理」: Vol. 52 (2012) [pdf]